바꾸기리스트 = []

# 파일을 읽어서, 바꾸기리스트를 만든다.
with open(바꿀단어리스트파일패쓰, "r") as f:
  for line in f:
    바꾸기전, 바꾼후 = line.split('\t')
    바꾸기리스트.append((바꾸기전, 바꾼후))

# 리스트의 단어쌍을 불러서, 바꾸기를 실행한다.
for 성형전, 성형후 in 바꾸기리스트:
  df["내용"] = df["내용"].str.replace(성형전, 성형후)

이렇게 하면 됩니다. 파일 읽을 때, 파일의 인코딩 잘 확인하고요. 파일 마지막에 쓸데없는 줄바꿈있으면, 그거 잘 처리해야 할 거구요.

견식이 짧아 제대로 이해한 것인지 모르겠으나..

다음과 같이 하면 되지 않나 생각되서 남겨봅니다

with open('/content/khaiii/rsc/src/불용어.txt', 'r') as f:
    lines =  f.readlines()
    stopwords = [line.strip() for line in lines]

for fd in df['sentence']:
    if fd in stopwords:
        break
    for r in ['볼펜', '싸인펜', '매직']:
        fd = fd .replace(r, '펜')
또는
fd = str(df['sentence'])
if fd not in stopword:
    for r in ['볼펜', '싸인펜', '매직']:
        fd = fd.replace(r, '펜')