해당 파일이 엄격한 형식을 따르는 flat 파일이아니라, 느슨한 형식의 파일이라면 정규표현식을 써야할겁니다... 다행히도, ' '문자와, '\n'줄 바꿈 문자로 구분이 되는 '학번','이름','성적'\n 의 파일이네요...

#text.txt
9 김철수 72
10 박재용 79
1 나영희 34
3 이나연 46


filename = 'text.txt'
f = open(filename,'r', encoding='utf-8')
counter = 0
subCounter = 0
studentNumber = ''
studentName = ''
studentGrade = ''
studentList = []

while(True):
    try:
        temp = f.readline()
        if temp == '':
            raise
        for i in temp:
            if i == ' ' and subCounter == 0:
                studentNumber = temp[:counter]
                temp = temp[counter+1:]
                counter = 0
                subCounter += 1
                continue
            if i == ' ' and subCounter == 1:
                if temp[-1] == '\n':
                    temp = temp[:-1]
                studentName = temp[:counter]
                studentGrade = temp[counter+1:]
                temp = ''
                counter = 0
                subCounter = 0
                studentList.append([studentNumber,studentName,studentGrade])
                break
            counter+=1
    except:
        f.close()
        break

def sortKey(x):
    return int(x[0])

studentList.sort(key=sortKey)

#스튜던트 저장...

filename2 = 'save.txt'
f2 = open(filename2, 'w', encoding='utf-8')
subCounter2 = 0

for student in studentList:
    for i in student:
        if subCounter2 == 0:
            f2.write(str(i)+' ')
            subCounter2 +=1
            continue    
        if subCounter2 == 1:
            f2.write(str(i)+' ')
            subCounter2 +=1
            continue    
        if subCounter2 == 2:
            f2.write(str(i)+'\n')
            subCounter2 =0
            continue
f2.close()

Python의 코드로는 위와같이 짜지네요..