에러메세지 "pointer being freed was not allocated"가 나는걸 말하시는건가요? 이 에러는 "네가 free하려는 pointer에는 아무것도 할당된게 없어!"라는 뜻입니다. 코드를 보니 mes2와 mes를 두번 free하네요.

#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <stdlib.h>

int main(void)
{
    char *mes = NULL;
    char *mes2 = NULL;
    char *mes3 = NULL;
    int i, j,temp=1;

    FILE *fp = fopen("File.txt", "rb");
    long dw;

    if (fp)
    {
        dw = ftell(fp);
        fseek(fp, 0, SEEK_END);
        dw = ftell(fp);
        mes = (char*)malloc(dw);

        fseek(fp, 0, SEEK_SET);
        fread(mes, 1, dw, fp);
        for(i=0;i<dw;i++)
            if (mes[i] == 'i' && mes[i + 1] == 's')
            {
                mes2 = (char*)malloc(dw + temp);
                mes2 = mes;
                mes2[i] = 'a';
                mes2[i + 1] = 'r';
                memmove(mes2 + i + 3, mes2 + i + 2, strlen(mes2) - i + 3);
                mes2[i + 2] = 'e';
                temp++;
                free(mes2);  // 여기서 mes2를 프리합니다.


            }
        mes = (char*)malloc(dw + temp);
        mes = mes2;
        printf("mes:%s\n", mes);

    }

    free(mes2); // 위에서 free한 mes2를 또 프리하려니 에러가 나겠지요?
    free(mes); // mes는 mes2와 같은 값을 가지는데, 위에서 이미 mes2를 프리했으므로 에러가 납니다.
    fclose(fp);
}

마지막 free(mes2); free(mes); 를 지우면 에러는 나지 않을거에요. 또, 코드에 불필요한 변수가 있고, 메모리 누수가 있네요!