일단 numpy는 c확장 모듈입니다.

즉 c로 코딩되어 있고 바이너리로 만들기 위해 c컴파일러가 필요하며 so 혹은 pyd(dll) 등의 동적라이브러리로 배포가 됩니다.

모든 python (특히 윈도우상에서 작업하는) 개발자가 c컴파일러를 구비하며 관련지식을 알고 있기 어렵습니다. 그러한 이유로 setup 파일(exe)로 배포하는 경우가 있습니다. 컴파일된 바이너리 모듈(c확장모듈)을 편하게 설치할 수 있다는 장점이 있습니다.

그에반해 pip 로 설치하면 소스로 컴파일하여 설치할 수 있습니다. 리눅스나 맥등의 플랫폼이면 기본적으로 gcc 등의 컴파일러를 손쉽게 설치할 수 있으므로 더 최적화된 상태(내가 원하는대로 혹은 내피시에 최적화)의 바이너리를 얻을 수 있고 최신상태로 유지하기도 좋습니다.

결론적으로 버전 문제가 아니라면 사용상의 차이는 없습니다.