첫번재 IO BUFFER 라는 개념이 있습니다.

scanf 함수로 입력을 받을 때 IO buffer 라는 곳에 저장이 되는데 입력을 할 때 값을 넣고 엔터키를 칩니다.

그러면 엔터키 값은 다음번 scanf 때 저장이 됩니다.

원하는 결과가 아니죠...그래서 buffer 을 비우는 코드가 필요합니다.

두번째 배열은 상수입니다. 바꿀수가 없다는 의미입니다.

change_array 함수에서 배열요소에 재할당을 하면 세그먼트 폴트가 발생할 겁니다.

세번째 배열과 포인터는 분명히 다른겁니다. 그런 이유로 컴파일러는 경고를 내어줍니다.

최대한 필요한 부분만 단순하게 수정했습니다.

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>


void change_array(char **a)
{
    char *temp = malloc(sizeof(char)*3); ;
    for (int i = 0; i <= 2; i++) {
         *(temp+i) = *(*(a + i));
        *(*(a + i)) = *(*(a+i)+1);
        *(*(a + i) + 1) = *(temp + i);
    }
}
int main()
{
    int i, j,b,c;
    //char a[3][3];
    // 2차원 포인터 초기화
        char **a = (char**)malloc(sizeof(char) * 3);
        for(int index = 0; index < 3; index++){
                a[index] = (char*)malloc(sizeof(char) * 3);
        }

    for (i = 0; i <= 2; i++) {
        for (j = 0; j <= 2; j++) {
            scanf("%c", &a[i][j]);
                        getchar();     //<- 수정. 버퍼 클리어
        }
    }

    change_array(a);
    printf("array is changed\n");
    for (b = 0; b < 3; b++) {
        for (c = 0; c < 3; c++) {
            printf("%c", a[b][c]);
        }
        printf("\n");
    }

}

테스트 및 결과

gcc version 5.4.0 20160609 (Ubuntu 5.4.0-6ubuntu1~16.04.9)

allinux@ip-10-0-0-29:~$ gcc -std=c99 -o sample sample.c
allinux@ip-10-0-0-29:~$ ./sample
1
2
3
4
5
6
7
8
9
array is changed
213
546
879