먼저 ['[ abc, def ]', '[ ghi, abc ]', '[ def ]'] 은 2중 리스트가 아니고 문자열의 리스트입니다.

제 생각에는 아래와 같은 조건에서 결과를 원한 것 아닌가 싶습니다.

L = [['abc', 'def'], ['ghi', 'abc'], ['def']]

import itertools as it 

set(it.chain(*L))                                                      
{'abc', 'def', 'ghi'}

만약 조건이 ['[ abc, def ]', '[ ghi, abc ]', '[ def ]'] 였다면 정규식등을 이용해서 2중 리스트로 만들어서 작업해야 합니다.

import re

L = ['[ abc, def ]', '[ ghi, abc ]', '[ def ]']
L2 = [re.findall(r'(\w+)[,]?', s) for s in L]

import itertools as it 

set(it.chain(*L2))