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  • 프로필 nowp님의 편집
    날짜2021.07.12

    생물정보학 코딩


    function(SeqIO.parse('DNA1.fna', 'fasta'))

    제가 두개의 DNA 염기서열 (문자열) 을 변수로 갖고 두번째 염기서열이 첫번째 염기서열에 나타나는 횟수 그러니까 첫번째 염기서열이 만약 ATTGGCCTTGTAAA 이고 두번재 염기서열이 TTG 이면 정수 2 를 리턴해야 해요. 하지만 위의 예시처럼 (제가 >>> 하고 적어놓은 부분) 하나의 fasta 파일에 두개의 염기서열이 다 있어요. 밑의 예시처럼요 이거 어떻게 해야 할까요?

    >seq01
    (첫번째 DNA 염기서열)
    >seq02
    (두번째 DNA 염기서열)
    

    저의 코드입니다.

    def function(first, second):
        from Bio.Seq import Seq
        seq = Seq(first)
        counting = seq.count(second)
        return counting
    
  • 프로필 초보자님의 편집
    날짜2021.07.11

    생물정보학 코딩


    function(SeqIO.parse('DNA1.fna', 'fasta'))

    제가 두개의 DNA 염기서열 (문자열) 을 변수로 갖고 두번째 염기서열이 첫번째 염기서열에 나타나는 횟수 그러니까 첫번째 염기서열이 만약 ATTGGCCTTGTAAA 이고 두번재 염기서열이 TTG 이면 정수 2 를 리턴해야 해요.... 하지만 위의 예시처럼 (제가 >>> 하고 적어놓은 부분) 하나의 fasta 파일에 두개의 염기서열이 다 있어요. 밑의 예시처럼요 이거 어떻게 해야 할까요?

    >seq01
    (첫번째 DNA 염기서열)
    >seq02
    (두번째 DNA 염기서열)
    

    저의 코드입니다.....

    def function(first, second): (줄 바꿈)
        from Bio.Seq import Seq (줄 바꿈)
        seq = Seq(first) (줄 바꿈)
        counting = seq.count(second) (줄 바꿈)
        return counting
    
  • 프로필 알 수 없는 사용자님의 편집
    날짜2021.07.09

    생물정보학 코딩


    function(SeqIO.parse('DNA1.fna', 'fasta')) 제가 두개의 DNA 염기서열 (문자열) 을 변수로 갖고 두번째 염기서열이 첫번째 염기서열에 나타나는 횟수 그러니까 첫번째 염기서열이 만약 ATTGGCCTTGTAAA 이고 두번재 염기서열이 TTG 이면 정수 2 를 리턴해야 해요.... 하지만 위의 예시처럼 (제가 >>> 하고 적어놓은 부분) 하나의 fasta 파일에 두개의 염기서열이 다 있어요. 밑의 예시처럼요 이거 어떻게 해야 할까요?

    seq01 (첫번째 DNA 염기서열) seq02 (두번째 DNA 염기서열)

    저의 코드입니다.....

    def function(first, second): (줄 바꿈) from Bio.Seq import Seq (줄 바꿈) seq = Seq(first) (줄 바꿈) counting = seq.count(second) (줄 바꿈) return counting