편집 기록

현재 배포되고 있는 프로그램을 사용하면서 이 프로그램을 사용할때에는 (n,k) 행렬로 저장되 있는 자료를 (k,n)으로 변형해서 사용해야 합니다. [예를들어 ee = ss.compute().T 을 사용]

그런데 아래와 같은 병렬구조의 패키지를 사용하려면 아래와 같은 문구의 에러가 뜹니다. geno_queue.py 에서 무엇을 수정해야하는걸까요 ? 다운 받은 패키지라 괜히 수정했다가 문제가 생길까봐 건들지 않고있습니다만...

    GT = G.compute().T

    preproc = {"max_miss": 0.01, "min_maf": 0.02}
    ee = []
    qw = gs.GenoQueue(GT,bim,batch_size=1,preprocess=preproc)
    for _GT, _bim in qw:
        r = st_sscan(_GT,pheno,E,tests=["inter","assoc"],verbose=False)
        res.append(_bim)

File "0618_ST.py", line 37, in <module>
    for _GT, _bim in qw:
  File "/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/geno_sugar/geno_queue.py", line 46, in __next__
    G_out = G_out.compute().T
AttributeError: 'numpy.ndarray' object has no attribute 'compute'

현재 배포되고 있는 프로그램을 사용하면서 이 프로그램을 사용할때에는 (n,k) 행렬로 저장되 있는 자료를 (k,n)으로 변형해서 사용해야 합니다. [예를들어ee = ss.compute().T 을 사용] 그런데 아래와 같은 병렬구조의 패키지를 사용하려면 아래와 같은 문구의 에러가 뜹니다. geno_queue.py에서 무엇을 수정해야하는걸까요 ? 다운 받은 패키지라 괜히 수정했다가 문제가 생길까봐 건들지 않고있습니다만...

GT = G.compute().T

preproc = {"max_miss": 0.01, "min_maf": 0.02}
ee = []
qw = gs.GenoQueue(GT,bim,batch_size=1,preprocess=preproc)
for _GT, _bim in qw:
    r = st_sscan(_GT,pheno,E,tests=["inter","assoc"],verbose=False)
    res.append(_bim)

File "0618_ST.py", line 37, in for GT, _bim in qw: File "/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/geno_sugar/geno_queue.py", line 46, in __next_ G_out = G_out.compute().T AttributeError: 'numpy.ndarray' object has no attribute 'compute'