왜 1만 3번 나오느냐 하면...

count=0

def plus(a):   # <-- (2) plus(0) 실행됨
    a=a+1      # --> (3) plus() 안의 변수 a만 바뀌고 있고 count 는 변화 없음
    print(a)   # --> (4) 1 출력됨

plus(count)    # --> (1) 이 시점에서 count = 0
plus(count)    # --> (5) 이 시점에서 count는 변한 적이 없으므로 count = 0, 1 출력됨
plus(count)    # --> (6) 이 시점에서도 count는 변한 적이 없으므로 (후략)

전역변수 count를 이용해서 원하시는 작업을 하자면...

def plus(lastCount):         # 이 함수가 하는 일은:
    nowCount = lastCount + 1 # 숫자를 넣으면 거기에 +1 해서
    print(nowCount)          # 그걸 출력하고
    return nowCount          # 방금 출력한 그 숫자를 반환한다.

count = 0                    # 이제 특정 변수의 초기값을 지정하고
for i in range(3):           # 루프를 돌면
    count = plus(count)      # 함수는 그 값을 +1 한 값으로 변경하며 반복 실행된다.