짐작가는 부분이 수 없이 많아서 어디에서부터 말해야할지 모르겠는데.

일반적으로 대게 많이 실수하시는 부분들이, html 내에서 스크립트 파일을 로드하는 줄을 살펴주세요. 아마 제 추측컨데, 해당 html element가 만들어지기 전에 해당 html을 선택해서 발생하는 문제일 것 같아요.

window.addEventListener('load', function(e){
    process.env.timeZone = "Asia/Seoul";

    const neis = require("./src/neis");

    const school = neis.createSchool(neis.REGION.SEOUL, "B100000454", neis.TYPE.HIGH);
    school.getMeal(2020, 11).then(d => {
        d.forEach(meal => {
            console.log(meal.date.toDateString() + "\n" +
                "조식 : " + meal.breakfast + "\n" +
                "중식 : " + meal.lunch + "\n" +
                "석식 : " + meal.dinner + "\n"
            );
        });
        console.log("1일 급식 : " + "\n" +
            "조식 : " + d[1].breakfast + "\n" +
            "중식 : " + d[1].lunch + "\n" +
            "석식 : " + d[1].dinner + "\n");

    });
})

이렇게 해보시길 바라요. 그리고 require 라는게 있는걸 보니까 Node에서 작성하시는 것 같은데. 네. 음... 환경이 어떻게 되시는지는 모르겠지만 잘하시리라고 생각해요.