문자를 없애는 것만 생각한다면, 다음과 같이 할 수 있습니다.

for 를 while 로 바꾸었고, d 라는 변수를 도입하여, 건너뛸 문자갯수를 기억합니다. d 가 0이 아니라면 k+d 인덱스의 문자를 k 인덱스 자리에 복사해 줍니다.

    while (!feof(f)) {
        fscanf(f, "%s", WordDataSet[i]); // 텍스트파일에서 문자열을 받습니다.
        int size = strlen(WordDataSet[i]); //  텍스트파일에 있는 문자열의 길이를 구합니다.
        int d = 0;
        int k = 0;
        while (1) {
            while (WordDataSet[i][k+d] >= 33 && WordDataSet[i][k+d] <= 47) {
                d++;
            }
            if(d) {
                WordDataSet[i][k] = WordDataSet[i][k+d];
            }
            if(WordDataSet[i][k+d] == 0) break;
            k++;
        }
        i++;
    }

똑같은 건데 포인터를 이용한 것.

    while (!feof(f)) {
        fscanf(f, "%s", WordDataSet[i]); // 텍스트파일에서 문자열을 받습니다.
        int size = strlen(WordDataSet[i]); //  텍스트파일에 있는 문자열의 길이를 구합니다.
        char *s;
        char *d;

        for( d=s=WordDataSet[i] ; ; s++, d++) {
            while(*s >= 33 && *s <= 47) {
                s++;
            }
            *d = *s;
            if(*s == 0) break;
        }
        i++;
    }

코드를 좀 수정해 보았습니다!

#define _CRT_SECURE_NO_WARNINGS
#include<iostream>
#include<cstdio>
#include<cstdlib>
#include<cstring>

#define R 1001
using namespace std;

char word[R]; // 텍스트파일에서 문자를 받아오는 변수입니다.
char WordDataSet[R][R]; // 받은 데이터를 담고있는 2차원 배열입니다.
string str;

int main() {

    FILE* fo = fopen("input.txt", "r");
    if (fo == NULL) printf("None file\n");
    char oword[100];//텍스트 파일을 그대로 받아올 변수
    fgets(oword, 100, fo);
    fclose(fo);
    printf("-----------------------원본--------------------------\n\n%s\n", oword);//텍스트 파일 원본 출력

    FILE* f = fopen("input.txt", "r"); // 파일을 읽기 형식으로 받아줍니다. 

    if (f == NULL) printf("None file\n"); // 파일이 존재하지 않을 경우 예외처리입니다.
    int i = 0; //  받은 데이터들의 인덱스를 표시하는 변수입니다.

    while (!feof(f)) {
        fscanf(f, "%s", WordDataSet[i]); // 텍스트파일에서 문자열을 받습니다.
        int size = strlen(WordDataSet[i]); //  텍스트파일에 있는 문자열의 길이를 구합니다.
        for (int k = 0; k < size; k++) {
            if (WordDataSet[i][k] >= 33 && WordDataSet[i][k] <= 47) {
                str = WordDataSet[i];
                str.erase(k, 1);
                (string)WordDataSet[i] = str;
            }
            else if (WordDataSet[i][k] == 63) {
                str = WordDataSet[i];
                str.erase(k, 1);
                (string)WordDataSet[i] = str;
            }
        }
        i++;
    }
    printf("-----------------------------------------------------\n");
    for (int j = 0; j < i; j++) { // 저장된 문자열을 출력합니다.
        printf("%s\n", WordDataSet[j]);
    }

    return 0;
}

그런데 이렇게 바꿔보니 아예 문장부호들이 그대로 나오네요.. 문제가 있나요? 위에서 주석처리했던 부분은 좀만 더 만지다보니 아예 글자가 깨져서 나오길래 이렇게 바꿔보았습니다. string 은 특정 문자를 지우는게 함수로 쉽게 나와있더군요..