생물정보학 코딩

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function(SeqIO.parse('DNA1.fna', 'fasta'))

제가 두개의 DNA 염기서열 (문자열) 을 변수로 갖고 두번째 염기서열이 첫번째 염기서열에 나타나는 횟수 그러니까 첫번째 염기서열이 만약 ATTGGCCTTGTAAA 이고 두번재 염기서열이 TTG 이면 정수 2 를 리턴해야 해요. 하지만 위의 예시처럼 (제가 >>> 하고 적어놓은 부분) 하나의 fasta 파일에 두개의 염기서열이 다 있어요. 밑의 예시처럼요 이거 어떻게 해야 할까요?

>seq01
(첫번째 DNA 염기서열)
>seq02
(두번째 DNA 염기서열)

저의 코드입니다.

def function(first, second):
    from Bio.Seq import Seq
    seq = Seq(first)
    counting = seq.count(second)
    return counting
  • >seq01 이지민 2021.7.9 18:38
  • (첫번째 DNA 염기서열) 이지민 2021.7.9 18:38
  • >seq02 이지민 2021.7.9 18:38
  • (두번째 DNA 염기서열) 이지민 2021.7.9 18:38
  • 이렇게 되어있어요 이지민 2021.7.9 18:38
  • 그리고 'DNA1.fna' 라는 fasta 파일 말고도 여러가지의 파일들을 한번에 하나씩 함수에 넣어서 실행을 시키고 싶어요 이지민 2021.7.11 07:06
  • function(SeqIO.parse('DNA1.fna', 'fasta')) 말고도 이지민 2021.7.11 07:07
  • function(SeqIO.parse('DNA2.fna', 'fasta')) 부터 이지민 2021.7.11 07:07
  • function(SeqIO.parse('DNA50.fna', 'fasta')) 까지요 이지민 2021.7.11 07:07

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