어떤 의도로 Tomcat을 root로 실행 하려는 지... 일단 root로 실행 하면 실행, 로그, 설정 파일등의 권한을 바꾸어 줄거는 없습니다. 하지만 root계정으로 로긴후 실행할 경우 해킹에 취약점이 있어요! 단순히 tomcat port 80을 서비스 하기 위해서는 sudo명령으로 이용, Tomcat script 만 실행할 권한을 주는게 맞는 판단일듯 합니다.

tomcat home 디렉토리의 권한을 강제 설정 해보세요

chown 계정명:그룹명 /usr/local/apache-tomcat-6.0.18 -R

혹시 log설정을 /var/ 밑에 해놓으셨으면 그것도...

chown 계정명:그룹명 /var/admin/tomcat -R

이렇게 한번 해보세요.