외부로 빼시는 편이 여러모로 이득입니다.

1. 나중에 프론트엔드만 전담하는 개발자와 일하시게 될 때 좀더 수월할 겁니다.
2. 대부분의 요즘 브라우저는 css, js 파일을 적당히 캐싱해 주기 때문에, jsp 파일 안에 스타일/스크립트가 들어가 있는 것보다는 별도 파일들로 나와 있는 편이 사이트 속도가 올라갑니다.

단지 파일 갯수가 많아서 고민이신 거라면 그런건 모듈 번들러 써서 묶으시는 것도 방법입니다. 한번 조사해 보세요.