질문하시는 것은 일대다 관계(one-to-many relation)에 관한 것입니다.

하나의 글은 여러 댓글을 가질 수 있고 각 댓글은 각각 여러 개의 댓글을 가질 수 있죠. 하지만 하나의 댓글이 여러 개의 글을 가지지 못하고, 마찬가지로 하나의 댓글이 여러 개의 댓글에 하위댓글로 달릴 수도 없습니다. 따라서 공식 문서나 이런 글을 참조해 보면 대충 이렇게 구성할 수 있겠네요.

/* 전략 */
{
  _id: 102,
  comment: "꼬우면... 아시죠?",
  /* 중략 */
  subcomments: [103, 105, 111, 156] /* 하위댓글로 처리되는 comment._id들 */
},
{
  _id: 103,
  comment: "ㄴㅋㅋㅋㅋㅋㅋㅋㅋ",
  /* 중략 */
  subcomments: null /* 딱히 하위댓글이 없거나 삭제되었으면 키를 없애거나 null 처리 */
},
/* 하략 */