소스 확인했습니다. 이런 경우에는 sequence를 기준으로 빼면 되겠네요.

/* 전략 */
var isOn = false;
var lastSeq = 0; // 가장 최근에 체크한 sequence 값을 저장하는 변수

var getBTCData = function(){
    if (isOn == false) {
        isOn = true;
    /* 중략 */
        request({
            url: "https://api.gopax.co.kr/trading-pairs/BTC-KRW/book?level=1",
            method: 'GET',
            json: true
        }, (error, response, body) => {
            console.timeEnd('requestTime:');
            console.time('parsingTime:');
            if (body.sequence > lastSeq) { // 더 최근값인지 체크해서 최신값 맞을 때만
                let date = new Date().toLocaleString(); // 필요한 로직 수행
                /* 중략 */
                console.timeEnd('insertTime:');
                isOn = false;
                lastSeq = body.sequence; // 로직이 다 끝나면 이 값도 최신것으로 업데이트
            }
        });
    }
}

setInterval(getBTCData, 1000);