그게 SSD 때문일 리는 거의 없구요... 처리 속도가 느린 이유는 아마도 그 데이터를 XLSX 형식으로 다루고 있어서일 거라고 생각됩니다.

1. 아시겠지만 CSV와 다르게 XLS(X)는 자료 이상의 메타데이터가 많습니다. 그래서 그걸 일일이 다시 불러와 원하는 작업을 하고 다시 저장하는 데 드는 비용이, csv를 가공하는 것보다 더 큽니다.
2. aaa.xlsx가 크기가 어느 정도 되는지 모르겠는데 말씀하시는 시나리오대로라면 상당히 클 것으로 예상됩니다. 그렇다면 그 데이터 전체를 메모리에 꽂아놓고 원하는 데이터를 붙인 뒤 그걸 다시 저장하는 것만 해도 상당한 자원 소모가 됩니다. 시간이 걸린다는 의미지요.

저라면 진지하게 RDBMS를 사용할 생각을 해보겠습니다. 심지어 "중간중간에 변경되는 값들 처리"를 해가면서 수시로 insert를 해야 한다면 오히려 그게 더 "빠른 방법"일 수 있습니다. DB 자료를 나중에 엑셀 파일로 내리는 건 사실 대수가 아니거든요.