질문하시는 것은 알림(notifications)이라는 것인데, 이런 경우는 결국 DB에 저장하시게 됩니다.

1. noti 테이블을 하나 만듭니다. 그 테이블은 대략 이런 것으로 구성돼 있습니다.
   • 알림 자체의 고유 ID. uuid
   • 알림을 받는 사람 ID. userid
   • 알림 내용(의 배열). 여기에는 알림을 보낸 사람 ID, 알림 메시지 텍스트 등이 포함됨. data
   • 생성 시각 및 읽음처리 시각. created_at, read_at
2. 알림이 일어날 만한 사건이 발생할 때, noti 테이블에 적당히 값을 주어서 INSERT를 실행합니다.
3. 사용자가 자기 앞으로 온 알림 목록을 보는 화면에는 대략 다음과 같은 SQL을 질의한 결과를 뿌려줍니다.
   SELECT data FROM noti WHERE userid = 34 AND read_at IS NULL ORDER BY created_at LIMIT 50 OFFSET 0
4. 사용자가 어떤 알림을 '읽음' 처리하는 사건이 발생할 때는, noti 테이블의 해당 자료에 대해서 read_at을 now()로 찍어 UPDATE해 줍니다.

여기까지만 구현하면, 이 알림은 사용자가 새로고침을 직접 해야 하는 알림 목록이 됩니다. 사용자의 새로고침 없이도 알림 INSERT 사건을 사용자에게 알려주고 싶다면, 그건 이벤트 브로드캐스팅이라고 하는 좀 다른 주제이기 때문에 대략 정영훈님의 댓글을 참고하시면 되겠습니다.

mongodb에 테이블 같은 건 없지만 적당히 걸러서 이해해 주세요.