사실 permutation 은 순열중에 하나를 리턴하는 것인데 어차피 shuffle 의 결과는 순열중에 하나이기 때문에 결과 자체는 같다고 할 수 있습니다.

permutation 도움말(https://het.as.utexas.edu/HET/Software/Numpy/reference/generated/numpy.random.permutation.html ) 대로 중요한 차이점은 permutation 은 array를 복사하여 리턴한다는 것 입니다. 즉 원본은 유지가 됩니다. 반면에 shffle 은 원본을 바꿉니다.

numpy 가 cython으로 코딩(.pyx)되어 있는데 실제 코드를 보면 배열을 복사후 shuffle 을 호출합니다.

def permutation(self, object x):
        if isinstance(x, (int, np.integer)):
            arr = np.arange(x)
            self.shuffle(arr)
            return arr

        arr = np.asarray(x)

        # shuffle has fast-path for 1-d
        if arr.ndim == 1:
            # Return a copy if same memory
            if np.may_share_memory(arr, x):
                arr = np.array(arr)
            self.shuffle(arr)
            return arr

        # Shuffle index array, dtype to ensure fast path
        idx = np.arange(arr.shape[0], dtype=np.intp)
        self.shuffle(idx)
        return arr[idx]

In [6]: ARR = [1, 2, 3]                                                         

In [7]: np.random.permutation(ARR)                                              
Out[7]: array([1, 3, 2])

In [8]: ARR                                                                     
Out[8]: [1, 2, 3]

In [9]: np.random.shuffle(ARR)                                                  

In [10]: ARR                                                                    
Out[10]: [1, 3, 2]