HDF는 계층형 파일 시스템입니다. 쉽게 말해, 일종의 파일 시스템처럼 HDF 파일 안에 텍스트, 이미지같은 파일들을 저장할 수 있습니다. 이러한 구조는 HDF 파일에서 B-Tree라는 자료구조를 이용해 구현되는데, 이 덕분에 특히 정렬된 파일 내부의 자료를 읽거나 바꿀 때 빠른 속도를 얻게 해 준다는 장점이 있습니다.

HDF 파일에서는 저장 용량에서는 별 이점은 없을 것입니다. 어떤 데이터를 다루시는지는 알 수 없지만, 그 데이터를 그냥 raw dat/csv 파일에 저장하는 것보다는 저장공간이 더 필요할 거에요.

혹시 버전관리를 Git으로 하신다면 Git LFS가 해결책이 될수도 있겠네요.