순회되고 있는 list와 remove()되고 있는 list가 같기 때문입니다.

a = ['123']
b = ['345', '456', '675', '678']
for i in b:
    print("지금 i -->", i)
    if i not in a:
        print("아직 b -->", b)
        b.remove(i)
        print("이제 b -->", b)

위 코드를 실행해 보면 이런 게 찍힙니다.

지금 i --> 345
아직 b --> ['345', '456', '675', '678']
이제 b --> ['456', '675', '678']
지금 i --> 675
아직 b --> ['456', '675', '678']
이제 b --> ['456', '678']

두번째 "지금 i"를 보시면 '456'이 나와야 할 거 같은데 '675'를 꺼내오고 있습니다. 왜냐하면 지금 파이썬이 생각하기에 b에 대하여 이번에 순회해야 하는 인덱스는 1이기 때문이지요. ['456', '675', '678']의 1번 인덱스에 해당하는 원소는 '675'가 되고, 그래서 여기서는 '675'를 선택하고 지우게 됩니다.

일단 원하시는 것을 얻기 위한 가장 짧고 빠른 방법은 원본의 카피를 뜬 리스트에 대해서 순회를 도는 거라고 합니다.

for i in list(b): # <-- 이렇게만 바꿔도 원하시는 것을 얻을수 있음

좀더 의미론적으로 문제에 접근하자면, 이 작업은 본질적으로 특정 리스트에서 특정 원소들만 걸러내는 것이므로 이런 접근들이 가능합니다.

a = ['123']
b = ['345', '456', '675', '678']
c = list(filter(lambda x: x in a, b))
d = [x for x in b if x in a]
print(c) # []
print(d) # []