pyinstaller 류의 프로그램은 배포하기 편하게 파이썬 실행기와 라이브러리를 묶어주는 프로그램입니다. 즉 파이썬 실행기(python.dll) 도 다 들어있는 겁니다. 특이한 무언가를 해주는 것은 아닙니다.

.pyd 파일은 파이썬 확장모듈 파일입니다. 파이썬에서만 사용가능한 보통 c/c++로 컴파일된 파일입니다. 윈도우의 dll 같이 pe format 이지만 단독으로는 호출할 수 없습니다.