링크1 링크1 의 cython 예제를 jupyter notebook 에서 실행해 봤습니다. 정상적으로 동작하며 python에 비해 cython은 효과적으로 시간을 줄여줍니다. 그러나 동일한 script를 간단한 setup.py 를 통해 compile 한 후 python 에서 import를 하였습니다. 결과적으로 아래와 같은 에러가 발생합니다.

import contains_cy ImportError: /my_path/bla/bla/contains_cy.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol: GEOSPreparedContains_r

만약 script 에 문제가 있는 것이라면 동일한 script가 jupyter-notebook에서 실행되지 않아야 합니다. 그러나 jupyter-notebook에서 실행이 됩니다. 따라서 script 문제가 아닌 환경 문제라고 생각합니다.

무엇이 문제인지 모르겠습니다. 링크의 comment 를 보면 Ahmet Temiz 도 비슷한 문제를 경험한 것 같은데 그의 질문에 답이 없습니다. 해결할 방법이 있을까요?