현재 상태에서 row, column을 직접적으로 알 수 있는 방법은 없습니다. 해당 정보를 알기위해서는 추가적인 구현이 필요한 상태고요. 몇가지 방법이 있을 것 같습니다만 제일 먼저 떠오르는 생각을 코드로 작성해봤습니다. (완전한 코드는 아니니 구현에 참고만 하세요)

올려주신 코드에서 2차원 배열이 아닌 List를 사용합니다.

List<ImageButton> buttons = new ArrayList<>();
for (int row = 0; row < DIMENSION; row++) {
    for (int column = 0; < column < DIMENSION; column++) {
        ImageButton button = new ImaegButton(this);
        ...
        button.setOnClickListener(this);
        buttons.add(imageButton);
    }
}

다음 부분은 클릭 리스너입니다. List에서 현재 클릭된 View의 인덱스를 이용해 row, column을 계산하는 방식입니다.

@Override
public void onClick(View v) {
    int index = buttons.indexOf(v)
    int row = index / 3;
    int column = index % 3;

    // 위에서 얻은 row, column으로 원하는 처리를 하세요.
}